离子色谱法主要用于环境样品的分析，包括地表水、饮用水、雨水、生活污水和工业废水、酸性沉积物和大气颗粒物中的阴离子和阳离子的分析，以及与微电子工业相关的水和试剂中的微量杂质。 离子色谱仪工作流程：
输液泵以稳定的流速（或压力）将流动相输送到分析系统。样品在色谱柱之前通过样品注射器引入。流动相使样品进入色谱柱。色谱柱中的每一种成分都被分离，并依次与流动相一起流向检测器。抑制性离子色谱在电导率检测器之前添加了抑制系统。
也就是说，使用另一高压输注泵将再生液体输送到抑制器，其中流动相的背景电导率降低。然后将流出物引入电导率检测池。检测到的信号被发送到数据系统以进行记录、处理或存储。非抑制离子离子色谱仪不使用抑制器和高压泵输送再生液。因此，仪器的结构简单得多，价格也便宜得多。
在食品质量和安全的分析和检测中，液相色谱法和离子色谱法被广泛使用。高效液相色谱（HPLC）是一种色谱方法。粮油食品的低检出限为0.0037～0.0074mg/kg，可测定粮油食品中各种氨基甲酸酯类农药的含量。它还可用于测定食品样品中的真菌毒素，包括黄曲霉毒素、镰刀菌毒素和玉米赤霉烯酮。
此外，液相色谱法和离子色谱法还可以检测粮油中的重金属元素，以确保食品不受工业污染。离子色谱法通过有效去除样品中过量杂质的干扰，对各种重金属元素进行准确、灵敏的定量分析，逐渐成为粮油食品检验的一大发展趋势，受到各省市食品工业产品质量检验机构的追捧。
食品和食品的霉变不仅会造成财产损失，还会导致人和动物误中毒，导致癌症。离子色谱仪能够满足国家粮油食品检测服务的需要，使产品质量更加安全。
离子色谱仪广泛应用于市政自来水、农村饮用水、环境监测、农业、质检、疾病控制、石油、化工、大学、科研、第三方检测等领域。
